| 番号 | 名称 | ローマ字標記 | 北緯 | 東経 | 灯台／灯標の位置 等
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| 6363 | 五通礁灯標 | Gotsu Sho | 323426 | 1300643 | 天草郡五和町・通詞島の北方沖
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| 6364 | 小亀岩灯標 | Kogame Iwa | 323336 | 1300627 | 天草郡五和町・通詞島の北方沖
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| 6366 | 二江港通詞島灯台 | Futae Ko | 323306 | 1300718 | 天草郡五和町・通詞島。平成24年3月8日に廃止
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| 6367 | 七通瀬灯標 | Nanatsu Se | 323249 | 1300620 | 天草郡五和町・通詞島の南西
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| 6375 | 湯島灯台 | Yu Shima | 323619 | 1301952 | 島原半島と三角半島の中間に位置する湯島
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| 6411 | 三池港沖灯標 | Miike Ko | 325930 | 1302056 | 三池港北防砂堤灯台（福岡県大牟田市）の西南西方約4.3km
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| 6414 | 三池港灯台 | Miike Ko | 330004 | 1302537 | 荒尾市の虚空蔵山頂
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| 6420 | 河内灯台 | Kawachi | 324945 | 1303448 | 河内温泉の旅館龍栄荘の裏山
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| 6423 | 百貫港灯台 | Hyakkan Ko | 324802 | 1303613 | 熊本市（盗人島）
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| 6426 | 住吉灯台 | Sumiyoshi | 324231 | 1303524 | 三角半島の付け根北岸
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| 6428 | 三角灯台 | Misumi | 323730 | 1302638 | 三角瀬戸（大瀬戸）の西岸
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| 6429 | 三角港荷島灯台 | Misumi Ko | 323629 | 1302728 | 三角瀬戸の南口
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| 6432 | 寺島灯台 | Tera Shima | 323541 | 1302826 | 三角港沖に浮かぶ寺島
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| 6434 | 戸馳島灯台 | Tobase Shima | 323435 | 1302917 | 三角町・戸馳島の南端
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| 6436 | 御船灯標 | Mifune | 323706 | 1303249 | 御船地区の沖
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| 6437 | 肥後兜島灯台 | Higo Kabuto Shima | 323429 | 1302730 | 大矢野島と維和島を結ぶ東大維橋の近く
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| 6447 | 薩摩瀬灯標 | Satsuma Se | 323244 | 1302719 | 大矢野島と維和島の間の瀬戸南部
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| 6448 | 下大戸ノ鼻灯台 | Shimo Utono Hana | 323145 | 1302739 | 天草郡天草町の北西端・下大戸ノ鼻
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| 6449 | 下大戸ノ鼻宗兵瀬照射灯 | Shimo Utono Hana | 323145 | 1302739 | 下大戸ノ鼻灯台に併設
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| 6451 | 合津港長瀬灯標 | Aizu Ko | 323130 | 1302554 | 上天草市の前島の東方沖で、あまくさマリーナの沖
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| 6457 | 本渡港灯標 | Hondo Ko | 322722 | 1301218 | 本渡港のど真ん中
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| 6457.5 | 本渡瀬戸灯標 | Hondo Seto | 322453 | 1301248 | 本渡瀬戸の南側出口付近で、錦島地区の沖
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| 6458 | 五色島灯標 | Goshiki Shima | 322503 | 1301258 | 本渡瀬戸の南側出口に位置する五色島の北西で、大門港の沖
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| 6463 | 四季咲岬灯台 | Shikizaki Misaki | 323146 | 1300046 | 天草郡苓北町の北西に位置する四季咲岬の先端
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| 6467 | 高浜灯台 | Takahama | 321826 | 1300136 | 天草郡天草町の西岸・十三仏公園のなか
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| 6469 | 大江港灯台 | Oe Ko | 321905 | 1295916 | 天草郡天草町の南端に位置する大江港の西岸
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| 6470 | 大江港島原瀬照射灯 | Oe Ko | 321905 | 1295916 | 大江港灯台に併設
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| 6473 | 天草崎津港灯台 | Amakusa Sakitsu Ko | 322302 | 1295920 | 天草郡河浦町の西南端に位置する崎津の今富川河口東岸
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| 6475 | 牛深大島灯台 | Ushibuka O Shima | 321101 | 1295804 | 牛深大島の中央。島へは定期航路がないので、渡るには船をチャーターするしかないようです
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| 6475.5 | 天草平瀬灯標 | Amakusahira Se | 321006 | 1295742 | 牛深大島の南方沖に浮かぶ平瀬
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| 6480 | 牛深港灯台 | Ushibuka Ko | 321130 | 1300109 | 牛深市街から牛深大島までを見晴らす加世浦の山頂近く
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| 6488 | キツキ瀬灯標 | Kitsuki Se | 321230 | 1300400 | 牛深市久玉町と戸島の間
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| 6489 | 戸島灯台 | To Shima | 321153 | 1300451 | 牛深市と鹿児島県・長島の間の長島海峡に浮かぶ戸島の東岸
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| 6491 | 上的島灯台 | Kami Mate Shima | 321549 | 1300918 | 天草郡河浦町産島の南西沖に浮かぶ上的島
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| 6493 | 梶木埼灯台 | Kajiki Saki | 321655 | 1300840 | 天草郡河浦町梶木崎の先端
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| 6494 | 横島灯台 | Yoko Shima | 322246 | 1301408 | 天草郡新和町横島の北端
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| 6497 | 長瀬灯標 | Naga Se | 321848 | 1301004 | 天草郡新和町南端の二本木鼻の西沖
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| 6502 | 樋ノ島灯台 | Hino Shima | 322307 | 1302432 | 天草郡龍ヶ岳町の沖に浮かぶ樋島の西岸
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| 6507 | 元ノ尻灯台 | Gannoshiri | 321816 | 1301802 | 御所浦島の南西端・ノサバ岬の先端
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| 6508 | 上血塚島大瀬灯標 | Kami Chizuka Shima O Se | 322424 | 1301324 | 本渡市下浦町・上血塚島の近く
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| 6517 | 唐網代鼻灯台 | Karaziro Hana | 322238 | 1302121 | 天草郡龍ヶ岳町の南端・唐網代鼻の先端
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| 6517.5 | 松ヶ鼻麦瀬照射灯 | Matsuga Hana | 322255 | 1302250 | 天草郡龍ヶ岳町松ヶ鼻の先端
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| 6518 | 肥後和田埼灯台 | Higo Wada Saki | 322341 | 1302412 | 天草郡龍ヶ岳町の白戸の浜の先端
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| 6519 | 雨竜埼灯台 | Uryu Saki | 322556 | 1302523 | 天草郡姫戸町東岸の雨竜岬の先端
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| 6522 | 牟田港牛瀬灯標 | Muta Ko | 322824 | 1302621 | 天草郡姫戸町東岸の牟田港沖
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| 6537 | 沖島灯台 | Okino Shima | 321756 | 1302646 | 葦北郡芦北町佐敷港の沖
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| 6542 | 恋路島灯台 | Koijishima | 321148 | 1302139 | 水俣港の湾口に位置する恋路島の西端
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